När det gäller avel på just islandshäst är den överlag en mycket frisk ras. Om man har en islandshäst som är direktimporterad till Sverige från Island kan det ofta vara klokt att också betäcka den med en häst som också är direktimporterad för att minska risken för olika typer av sjukdomar.

Islandshästen är en ras som ofta kan drabbas av olika allergier eller soleksem men detta är något man främst ser på de hästar som inte importerats utan istället avlats på inom Sverige, i så kallas tredje eller fjärdehands-generation. Insektsallergi kan vara mer eller mindre allvarligt för hästen och framförallt är det jobbigt att behöva ha hästen inne eller täcka den så fort den ska gå ut under sommarhalvåret. Dessa hästar bör man generellt sett undvika att avla på eftersom att man många gånger kan se att allergin klart ärvs ned till hästarnas avkommor.

När det gäller soleksem kan det leda till att hästen börjar gnugga sig mot träd, stolpar eller väggar. Det gör att hästen kan tappa päls och dessutom kan de bli sår som lätt infekteras och blir fula. Detta orsakar inte bara obehag utan det kan också leda till mycket höga kostnader när det gäller veterinärvård och liknande.

Många väljer att inte alls avla på islandshästar utan de hämtar istället sina hästar direkt på Island för att garanterat få en häst som inte har några spår av andra rasers blod i sig.

Om man vill ha ett islandshäst-föl kan det många gånger vara klokt att verkligen kontrollera hästens ursprung långt tillbaka. Det kan förekomma att någon korsat sin islandshäst tidigare och att det då kommit in andra blod i rasen. Det allra bästa är att leta i islandshästarnas stamböcker. Där får endast helt renrasiga hästar vara med och om det finns minsta lilla spår av annat blod kan islandshästen fortfarande kallas detta, men den får inte vara med i stamboken.